同族会社の場合、会社と社長でお金の貸し借りが発生することがよくあります。
このとき注意すべき点をまとめてみました。

社長が会社からお金を借りる場合

社長は利息を支払うこと。無利息だった場合は会社は受け取れるはずの利息を損してることになるので、利息相当額は社長への給与とみなされて課税対象になる場合があります。
また、一般的な利率よりかなり低い利率で貸付けた場合も同様です。

社長が会社へ貸し付けた場合

社長が会社から利息を受け取っていなくても課税されることはありません。
また、会社としても利息を払っていないことによる利益と支払うべき利息と相殺されて損益に影響はないことになります。

このへんがややこしいところで、取り扱いがまったく逆になります。
社長としては、会社の資金繰りが悪くなったから自分の通帳から会社の通帳に資金を移動させることは違和感なく行われるように思います。
個人事業の場合は問題ありませんが、会社は社長とは別人格の「法人」なのでいろいろな問題が生じてきます。

また、社長借入金は大きすぎると次のようなデメリットもありますのでご注意ください。
・銀行の査定で悪影響
・社長の個人資産となる（相続発生時に揉める可能性）

社長借入金の消し方

そのまま返済できる現金預金があればいいですが、そうでないから借りるわけで・・・では、どうやって返していくか？

まず、役員報酬をなくして、その代わりに社長からの借入金を返済する方法です。
この方法は赤字会社にお勧めです。社長としては、貸した金を返してもらってるだけなので給与所得にはなりません。

次に、会社に対する貸付金の返済義務を免除する方法です。
こちらも赤字会社に有効です。後々、トラブルにならないよう社長が債務を免除する旨の文書を作っておく必要があります。

あくまでも社長個人と法人は別人格、と理解しておきましょう。